Fra 2001 til 2021 har MJK hatt personell i Afghanistan. I denne perioden har avdelingen utført en rekke krevende oppdrag. Dette inkluderer blant annet:
Operasjon Anaconda
I 2001- 2002 deltok MJK i operasjon Anaconda og kampene mot terrororganisasjonen al-Qaida og Taliban i fjellområdene i det sørøstlige Afghanistan. Det norske bidraget ble, som resten av Task Force K-Bar, senere tildelt Presidential Unit Citation av president George W. Bush.
Operasjon Enduring Freedom
Marinejegerkommandoen gjennomførte oppdrag under operasjonen Enduring Freedom sør i Afghanistan i 2003. Vinteren 2005-2006 gjennomførte MJK oppdrag i Talibans kjerneområder i Nord-Helmand. Innsatsen la grunnlaget for den videre koalisjonsinnsatsen i Helmand. Bidraget var ledet av orlogskaptein Trond André Bolle, som i 2011 og som første soldat etter andre verdenskrig, ble tildelt Krigskorset med sverd (post mortem) for denne innsatsen.
ISAF
Fra sommeren 2008 til 2009 deltok MJK i ISAF. Under denne operasjonen var fokuset på å trene, rådgi og støtte den afghanske spesialpolitiavdelingen Crisis Respons Unit (CRU) 222. Målet med dette var å forhindre angrep i Kabul, noe som ble gjort gjennom å redusere risikoen for terroranslag.
Resolute Support Mission
I perioden 2015-2021 var MJK kontinuerlig deployert til NATO-operasjonen Resolute Support Mission i Afghanistan. Oppdraget var å trene, rådgi og støtte Crisis Respons Unit (CRU) 222. MJKs bidrag er det lengste sammenhengende spesialstyrkebidraget i norsk historie. Bidraget omfattet en rekke svært farefulle og usedvanlig krevende oppdrag.
Trening og mentorering av CRU 222
Forsvarets spesialstyrker (FS) hadde fra 2007 oppdraget med å trene opp og mentorere en afghansk spesialpolitiavdeling, Crisis Response Unit 222/ CRU 222 (Du kan lese mer om dette her).
I periodene 2008-2009 og fra 2015-2021 hadde Marinejegerkommandoen ansvaret for CRU overordnet. Bidraget omfattet en rekke farefulle og krevende oppdrag. I denne perioden rykket eksempelvis Marinejegerkommandoen ut til og bekjempet 46 ulike terrorangrep sammen med CRU. I forbindelse med angrepene har avdelingen bidratt til å frigjøre og evakuere nærmere 1800 sivile, statsborgere fra blant annet Afghanistan, USA, Storbritannia, Canada, Tyskland, Frankrike og Spania.
I samme periode gjennomførte MJK og CRU 222 nærmere 300 ulike operasjoner i hele Afghanistan.